Semnificația numelui său a evoluat de-a lungul timpului odată cu schimbarea atributelor sale în mentalitatea grecilor, însă etimologia rămâne încă nestabilită. Pentru perioada arhaică, denumirea zeului pare să derive din verbul „a distruge” sau din conceptul de ordine, având afinități cu alți zei similari din zona Mesopotamiei antice. Numele său atic, preluat din forma dorică Apellon, se apropie cuvântului apella, care înseamnă țarc de oi, fiind venerat de greci, nomazi la vremea aceea și crescători de ovine, ca zeul protector al păstorilor și al turmelor. Datorită menirii sale fundamentale, aceea de profet al lui Zeus, mitul îl prezintă pe Apolon ca păstorind adunările oamenilor prin înțelepciune și elocință. Pentru o înțelegere mai bună a importanței sale în panteonul grecesc, filosoful grec Platon (în dialogul Cratilos) leagă numele său de semnificația cuvintelor apolysis și apolousis, adică mântuire, respectiv purificare.

În funcție de atribuțiile sale în diverse aspecte ale vieții umane și cosmice zeul primește mai multe denumiri cum ar fi Apolon Alexikakos (Cel care ferește de rău), Argurotoxos (Cel cu Arcul de Argint), Apolon Pithios (Ucigătorul de șerpi), Apolon Musagetes (Conducătorul muzelor), Apolon Citharede (Cel care cântă la liră), Apolon Phoebus (Cel Pur), ș.a.