Începând cu Templul din Delos ca centru principal de cult, lui Apolon îi sunt dedicate sanctuare la Delfi, Atena, Corint, fiind regăsite din Anatolia până în Italia. În Delfi, în jurul templului lui Apolon Phoebus, la festivalul anual Septeria, un tânăr grec avea rolul de a reconstitui uciderea lui Pithon, cei nouă ani petrecuți de Apolon în slujba regelui Admetus pentru a se purifica de moartea ce cauzase unui spirit al pământului și revenirea lui mai luminos la Delfi unde instaurează oracolul ce urma să poarte numele șarpelui-sacru - Pithia. Se considera că Apolon dezvăluie omului lucrurile tainice și pe cele viitoare deoarece cunoașterea adevărului presupune atât cunoașterea a tot ceea ce există, cât și a legăturii sacre dintre lucruri.

Potrivit imnului homeric, acestea au fost primele cuvinte ale noului născut Apolon:

„Aduceţi lira ce mi-e dragă şi arcul meu încovoiat!

Voi spune lumii prin oracol ce a hotărit aievea Zeus !” (Iliada)

Tot aici se instaurează Jocurile Pitice ce preced Jocurile Olimpice mai cunoscute și care se sărbătoreau o dată la patru ani în amintirea întrecerii lui Apolon cu șarpele prin evenimente sportive însoțite de muzică.

La Delfi, Delos și în alte locuri de cult se credea că o bună parte a anului Apolon rămâne ascuns în depărtare. Odată cu începerea iernii dispare, spre a reveni la începutul primăverii, întîmpinat de cântece sfinte. Sărbătoarea se numea Theophania și reprezenta singura zi din an când, odată cu reîntoarcerea lui Apolon din Țara hiperboreenilor, toate reprezentările sacre ale zeilor erau scoase din temple și venerate de mulțime. Denumirea acestei sărbători a fost preluată ulterior de creștinism cu sensul de revelație sau contact nemijlocit cu Divinitatea.

Ca zeu al purității prezida ritualul de purificare, considerat în Grecia Antică remediul fundamental împotriva bolilor fizice, deoarece grecii vedeau corpul ca o prelungire în materialitate a spiritului. Așadar, Apolon avea puterea de a trezi forțele spiritului care curățau corpul, fiind prin urmare adorat și ca zeu al vindecării – zeu taumaturg.